Um die erhöhte Gefahr des Vogelschlags am Flughafen zu vermindern, hat das balearische Umweltministerium der Flughafenbehörde Aena für die nächsten drei Jahre den Abschuss von Vögeln erlaubt. Geschützte Exemplare sind von der Regelung ausgeschlossen, sie sollen verscheucht oder eingefangen und an einem anderen Ort wieder freigelassen werden. Die Umweltschutzorganisation Gob kritisiert, dass mehr Vögel getötet werden könnten, als erforderlich wäre. So sei auch schon auf ungefährliche Enten geschossen worden. Bei den Vögeln, die von den vielen Insekten rund um den Flughafen angelockt werden, handelt es sich zumeist um Reiher und Ringeltauben. Um sie abzuschrecken, werden auch Falken eingesetzt.
Als weitere Maßnahme ist geplant, die Waldflächen rund um den Flughafen von Gestrüpp und Reisig zu befreien. So sollen die Möglichkeiten der Vögel zum Nestbau eingeschränkt werden. Man werde aber keine Bäume fällen, versicherte Flughafendirektor Nemesio Suárez. "Die Zahl der Vögel rund um den Flughafen hat in den vergangenen Jahren deutlich zugekommen, und für mich steht die Sicherheit der Passagiere an erster Stelle."